1、多数病人在治疗过程中无任何不良反应。
2、用药数次后，临床上可能出现的不良反应多为轻、中度的局部皮肤炎症反应，如局部皮肤可能出现红斑、水肿、糜烂、溃疡、脱屑、灼热、疼痛、瘙痒等。偶有短暂低热、以上症状停药后均能迅速恢复。如反应轻微，可继续用药；若反应严重应及时停药并就医。
3、据国外资料报道，与咪喹莫特乳膏可能有关的不良反应包括：
（1）用药部位不适：疣体部位反应（灼烧、色素沉着、发炎、瘙痒、疼痛、皮疹、敏感、溃疡、刺痛、压痛）。
（2）远侧部位反应：出血、灼烧、瘙痒、疼痛、压痛。
（3）全身反应：疲劳、发热、流感样症状。
（4）中枢和周围神经系统：头痛。
（5）胃肠系统：腹泻。
（6）肌-骨髓系统：肌痛。
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