1.肾毒性；本品对肾脏有一定损害，少数病人可出现蛋白尿、尿红白细胞及管型，血尿素有轻度增高者，肾毒性发生率文献报道不一，从较早文献的50％到近期文献的0％发生率，在使用硫酸粘菌素超过48小时的患者中进行的回顾性研究也报告了相似的肾毒性发生率（43％），肾毒性呈剂量依赖性，接受每日3-4.9mg/kg（标准体重）黏菌素的患者肾毒性发生率超过30％，当剂量超过5mg/kg，肾毒性发生率超过69％，绝大部分患者的肾毒性发生于治疗的第一周，尚无报道患者发生长期肾功能衰竭或者需取血液透析。
2.神经系统；本品可引起不同程度的神经毒性反应，如头晕。周围神经炎、视觉障碍、意识混乱、昏迷、共济失调等，也可引起可逆性的神经肌肉阻滞，症状出现迅速，无先兆，与剂量有关，通常发生于手术后，应用麻醉药、镇静药或神经肌肉阻滞剂，或患有低血钙、缺氧、肾脏疾病的患者较易发生。
3.偶可发生药物热或药疹。
4.同类药物可发生抗生素相关腹泻，包括中度腹泻至致命性结肠炎，都有报道。
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