1、少数患者外阴和/或阴道局部有刺激症状，主要表现为轻微烧灼感或疼痛感，停药后即可恢复。
2、克林霉素可导致阴道内不敏感微生物过度繁殖，从而导致真菌或细菌感染，阴道功能紊乱，阴道溢液，阴道炎。
3、在治疗期间和治疗期后，有可能出现伪膜性肠炎。
4、本品可经阴道粘膜吸收入血，因此口服给药出现的下列不良反应也有可能出现在克林霉素阴道给药途径中：
（1）胃肠道反应：常见恶心、呕吐、腹痛、腹泻等；严重者有腹绞痛、腹部压痛、严重腹泻（水样或脓血样），伴发热、异常口渴和疲乏（伪膜性肠炎）。腹泻、肠炎和伪膜性肠炎可发生在用药初期，也可发生在停药后数周。
（2）血液系统：偶可发生白细胞减少、中性粒细胞减少、嗜酸性粒细胞增多和血小板减少等；尚无法证明克林霉素的治疗与上述病症有直接的病理关系。
（3）过敏反应：可见皮疹、瘙痒等，偶见荨麻疹、血管性水肿和血清病反应等，罕见剥脱性皮炎、大疱性皮炎、多形性红斑和Steven-Johnson综合症。
（4）肝、肾功能异常，如血清氨基转移酶升高、黄疸等。
（5）其他：耳鸣、眩晕、念珠菌感染等。
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