本品最常见的不良反应为便秘、胃肠胀气、消化不良和腹痛，通常在继续用药后缓解。临床试验中低于2%的患者因与本品有关的不良反应而中断治疗。根据临床研究的数据和上市后广泛经验，阿托伐他汀钙的不良事件如下述。按照惯例，不良事件的估计频率排序为：常见（≥1/100，＜1/10）；不常见（≥1/1000，＜1/100）；罕见（≥1/10000，＜1/1000）；非常罕见（＜1/10000）。
胃肠道异常常见：便秘，胃肠胀气，消化不良，恶心，腹泻。不常见：厌食，呕吐。
血液和淋巴系统异常不常见：血小板减少症。
免疫系统异常：常见：变态反应。非常罕见：过敏反应。
内分泌紊乱：不常见：脱发，高糖血症，低糖血症，胰腺炎。
精神：常见：失眠。不常见：健忘症。
神经系统异常：常见：头痛，头晕，感觉异常，感觉迟钝。不常见：外周神经病。肝-胆异常：罕见：肝炎，胆汁淤积性黄疸。
皮肤/四肢：常见：皮疹，瘙痒。不常见：风疹。非常罕见：血管神经性水肿，大疱性皮疹（包括多形性红斑、Stevens-Johnson综合征和毒性表皮松解症）。
耳-迷路异常：不常见：耳鸣。
骨骼肌肉异常：常见：肌痛，关节痛。不常见：肌病。罕见：肌炎，横纹肌溶解症。
生殖系统异常：不常见：阳痿。一般异常：常见：衰弱，胸痛，背痛，外周水肿。
不常见：不适，体重增加。
研究：与其它HMG-CoA还原酶抑制剂相同，曾报道服用本品的患者出现血清转氨酶升高，不过这些改变通常是轻微、一过性的，并不需要中断治疗。在接受本品治疗的患者中具有临床意义的血清转氨酶升高（＞正常上限3倍）的发生率为0.8%。所有患者中发生的这些改变均与剂量相关并且都是可逆性的。与其它临床试验中的HMG-CoA还原酶抑制剂相似，服用本品的患者中有2.5%的病人出现血清磷酸肌酸激酶（CPK）升高大于正常上限3倍。服用本品的患者中有0.4%的病人其磷酸肌酸激酶升高大于正常上限10倍。（参见【注意事项】）
他汀类药品的上市后监测中有高血糖反应、糖耐量异常、糖化血红蛋白水平升高、新发糖尿病、血糖控制恶化的包好，部分他汀类药品亦有低血糖反应的报告。
上市后经验：他汀类药品的国外上市后监测中有罕见的认知障碍的报道，表现为记忆力丧失、记忆力下降、思维混乱等，多为非严重、可逆性反应，一般停药后即可恢复
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