常见不良反应为头痛、上呼吸道感染、背痛、痛经、思睡、消化不良、疲劳等。这些不良反应的发生率与安慰剂组观察到的相似。盐酸非索非那定60mg，每日两次，倦睡、消化不良及疲劳发生率为1.3%，恶心、痛经发生率为1.5%，上呼吸道感染发生率为2.5%；盐酸非索非那定30mg，每日两次，发热、疼痛、中耳炎的发生率为2.4%，意外损伤发生率为2.9%，咳嗽发生率为3.8，上呼吸道感染发生率为4.3%，头痛发生率为7.2%。
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