1、激素和抗感染联合药物的副作用即可来自激素成份，也可来自抗感染成份或者二者的联合使用。没有准确的不良反应发生率的资料。眼用妥布霉素最常见的不良反应有：局部的眼毒性和过敏反应，抗生素的不良反应，包括眼睑刺痒、水肿、结膜充血。这些不良反应仅在不到4％的患者中出现。与眼用的其他氨基糖苷类抗生素的不良反应类似的其他不良反应尚未报道。但如果在全身使用氨基糖苷类药物时合用眼部的妥布霉素就应该监测血清中药物的浓度。
2、与激素成份有关的不良反应有：眼内压升高并可能导致青光眼、偶尔有视神经的损害、后囊下白内障形成和伤口愈合延迟。
3、二重感染：在合用抗生素和激素可能发生二重感染。长期使用激素后极易发生角膜真菌感染。由于宿主的免疫抑制也可能导致继发细菌感染。
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