1、本品毒性较低，主要不良反应是用药过多可致自发性出血，故每次注射应测定凝血时间。如注射后引起严重出血，可静注硫酸鱼精蛋白进行急救（1mg硫酸鱼精蛋白可中和100U肝素）。
2、偶可引起过敏反应及血小板减少，常发生在用药初5-9天，故开始治疗1个月内应定期监测血小板计数。偶见一次性脱发和腹泻。尚可引起骨质疏松和自发性骨折。肝功能不良者长期使用可引起抗凝血酶Ⅲ耗竭而血栓形成倾向。
3、有使用本品后出现局部刺激和皮疹的报道。
4、偶发的四肢疼痛、缺血、四肢紫绀在过去常被归结为过敏性血管痉挛。这是否与血小板减少相关的症状相同尚不明确。
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