在有对照的临床试验中，从接种甲型肝炎灭活疫苗后开始对所有对象进行了四天的症状观察，采用临床反应观察表，还要求被接种者报告观察期间发生的任何临床反应。 加强免疫后导致的副反应发生频率较低，报告的副反应大多轻微且持续不超过24小时，换种甲型肝炎灭活疫苗后发生的副反应频率与接种其他使用铝盐为佐剂的纯化疫苗并无区别。 报告的局部副反应大多为注射部位疼痛（严重者少于5%），且可自行缓解。报告的其他局部反应为轻微的发红和肿胀，其发生率占全部接种者的4%。 报告的被接种者的全身性反应基本上轻微，大部分持续不超过24小时，包括头痛、触痛、恶心、呕吐、发热和食欲下降。这些副反应的发生频率在0.8%-12.8%之间，均可自行缓解。
儿童中发生副反应的症状与成人相似，但发生的频率要低。 罕见报告疲乏、腹泻、肌痛、关节痛、过敏反应包括变态反应。
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