大约90000名12岁以上过敏性鼻炎患者参加的随机对照临床试验中，口服氯雷他定10mg，每天1次，连续用药2周至6个月，用药组和安慰剂组因不良反应停药者发生率2%，副作用发生情况如表1所示。
表1安慰剂对照的过敏性鼻炎患者口服氯雷他定，发生率大于2%的副作用
慢性特发性荨麻疹患者服用本品的副作用与过敏性鼻炎者的类似。本品的副作用不随年龄、性别、种族的不同而不同。除了上述发生率大于2%的副作用以外，还发现以下副作用(发生率小于2%)：
自主神经系统：流泪，流涎，潮红，感觉迟钝，阳痿，多汗。
一般状况：血管神经性水肿，虚弱，背痛，视物模糊，胸痛，耳痛，眼痛，腿部抽筋，抑郁，寒颤，耳鸣，病毒感染，体重增加。
心血管系统：高血压，低血压，心悸，室上性快速性心律失常，晕厥，心动过速。
中枢和外周神经系统：眼睑痉挛，眩晕，感觉异常，震颤。
胃肠道系统：消化不良，胃胀，味觉改变，食欲下降，便秘，腹泻，呃逆，食欲增加，恶心，胃炎，牙痛，呕吐。
肌肉骨骼系统：关节痛，肌痛。
精神神经系统：激动，健忘，焦虑，精神错乱，性欲下降，抑郁，注意力不集中，失眠，易怒。
生殖系统：乳房痛，痛经，月经过多，阴道炎。
呼吸系统：支气管炎，支气管痉挛，咳嗽，呼吸困难，鼻衄，咳血，喉炎，鼻干，咽炎，鼻窦炎，喷嚏。
皮肤及附属器：真皮炎，毛发干燥，皮肤干燥，光敏反应，瘙痒症，紫癜，皮疹，风疹。
泌尿系统：尿频，尿液外观颜色改变，尿失禁，尿潴留。
另外，服用本品还可偶发肝功能异常(包括黄疸，肝炎和肝坏死)，秃发，过敏反应，乳腺增生，多形红斑，周围性水肿，癫痫。
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