常有胃肠胀气和肠鸣音，偶有腹泻和腹胀，极少见有腹痛。
如果不遵守规定的饮食控制，则胃肠道副作用可能加重。如果控制饮食后仍有严重不适的症状，应咨询医生以便暂时或长期减小剂量。
极个别病例可能出现诸如红斑、皮疹和荨麻疹等皮肤过敏反应。
极个别病例观察到水肿的发生。极个别病例发生轻度肠梗阻或肠梗阻。
据报道在极个别情况可出现黄疸和/或肝炎合并肝损害。在日本发现个别患者发生爆发性肝炎而死亡，但是否与阿卡波糖有关还不明确。
在接受阿卡波糖每日150至300 mg治疗的患者，观察到个别患者发生与临床有关的肝功能检查异常（3次超过正常高限，参考注意事项部分）。
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