本药可能会使个别患者产生不良反应，根据频率由高至低依次为：
1、常见：腹泻、腹痛（包括消化不良）、口干、头痛、头晕、恶心、困意和乏力（通常为一过性的）、食欲增加并伴有体重增加。
2、偶见：低血压、心动过速、心悸、焦虑、抑郁、肝酶升高、关节痛、肌痛。
3、极个别病例：迷走神经异常（可能引起晕厥）、白细胞计数降低。
4、十分罕见：血管迷走神经发作、低中性粒细胞计数、过敏反应包括速发过敏反应、血管性水肿、全身性皮疹、荨麻疹、瘙痒和低血压。
5、有支气管痉挛以及哮喘加重的报道。但考虑到治疗人群中哮喘的发生率较高，因此尚不能确定与咪唑斯汀的相关性。
6、与某些抗组胺药物合用时，曾观察到QT间期延长的现象，这会增加高危人群发生严重心律失常的风险。
7、极罕见血糖或电解质水平的轻微变化，即使在健康人中发生此类轻微变化，其临床意义也不清楚。对于高危患者（特别是糖尿病、怀疑有电解质失衡和心律失常的患者），应对适当指标进行定期监测。
8、由于本品含有蓖麻油，可能会引起消化道不适，如恶心、呕吐和腹痛。治疗期间如出现不良反应请与医生联系。
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