1、骨髓抑制：白细胞减少较血小板减少为常见，最低值在用药后1-2周，多在2-3周后恢复。对肝功能有影响。
2、胃肠道反应：包括食欲减退、恶心及呕吐，一般停药1-3天即可消失。
3、泌尿道反应：当大剂量环磷酰胺静滴，而缺乏有效预防措施时，可致出血性膀胱炎，表现为膀胱刺激症状、少尿、血尿及蛋白尿，系其代谢产物丙烯醛刺激膀胱所致，但环磷酰胺常规剂量应用时，其发生率较低。
4、其他反应尚包括脱发、口腔炎、中毒性肝炎、皮肤色素沉着、月经紊乱、无精子或精子减少及肺纤维化等。
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