1、常见出现胃肠道反应，如恶心、呕吐、稀便、腹泻、腹痛等，通常不影响治疗。
2、少数病人可出现黄疸和肝功能异常。
3、偶见皮疹、皮肤瘙痒、剥脱性皮炎等过敏反应。
4、偶有出现可逆性嗜中性粒细胞减少症及嗜酸性细胞减少症。
5、长期使用时，可引起异常口渴，极度乏力，显著体重减轻，甚至伪膜性肠炎。应进行肝功能试验及血象检查，深部真菌感染患者忌用。治疗林可霉素或克林霉素所致的伪膜性肠炎，轻症单纯停药有效，中等至重症患者需补充水、电解质和蛋白质。如经上述处理无效，则应给万古霉素口服，每6小时125-500mg，疗程5-10日。复发时可给第二疗程万古霉素。甲硝唑口服或杆菌肽口服也有效；甲硝唑250-500mg，一日3次，杆菌肽2.5万单位，一日4次。
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