所有的氨基糖甙类药物都可能导致听觉、前庭和肾脏的毒性以及神经肌肉阻滞（参见注意事项）。现在或过去有过肾脏损害的，用其它耳毒性或肾毒性药物的，以及长期超量使用该类药物的患者以上副作用的发生率会随之增加。本品的主要不良反应如下：
1、神经毒性：耳毒性，对第八对脑神经的毒性作用会导致听觉丧失，平衡性丧失或者两者同时发生。阿米卡星主要影响听觉功能。耳蜗的损害包括高频性耳聋并且通常发生在临床出现听力丧失的症状之前。
2、神经毒性：神经肌肉阻滞，使用氨基糖甙类药物后可发生急性肌肉麻痹和呼吸暂停。
3、肾毒性：血肌酐的升高，蛋白尿，出现红细胞、白细胞、管型，氨质血症以及少尿症状都有过报道。当停止使用药物这些肾毒性表现是可逆的。
4、其它：除了上述的一些反应外，还有一些其他反应，例如皮疹、药源性发热、头疼、感觉异常、震颤、恶心和呕吐、嗜酸性粒细胞增多、关节痛、贫血和低血压等。
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