马来酸氟伏沙明治疗中较常见的不良反应是恶心，有时伴呕吐。服药2周后通常会消失。在对照的临床观察中出现的发生率大于1%或大于安慰剂组的其它不良反应报告有：
中枢神经系统-嗜睡、眩晕、头痛、失眠、紧张、激动、焦虑、震颤；
消化系统-便秘、厌食、消化不良、腹泻、腹部不适、口干、不适；
皮肤-多汗；
其它-无力、心悸、心动过速。
其它与5-羟色胺再摄取抑制剂类似，极个别报道有低钠血症，停用马来酸氟伏沙明，此情况逆转。一些患者可能由于抗利尿激素分泌异常综合征引起。大部分病例为老年患者。
出血性疾病：见【注意事项】。
体重增加或减少偶有报道。
如马来酸氟伏沙明突然停药，下列症状偶有发生：头痛、恶心、头晕和焦虑。
上述症状有些可能因患者本身的抑郁症所致而不一定与药物相关。
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