南京同仁堂药业有限责任公司历史悠久，其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1929年在南京开业,1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司，1957年定名为南京同仁堂制药厂。1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。
2000年按国家行业管理的要求，公司投巨资进行GMP改造，引进了片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液等剂型的生产线。2002年11月，九个剂型一次性通过国家GMP认证。公司持续获得国家“高新技术企业”殊荣。2018年，公司在浦口南京生物医药谷建成占地154亩新厂区，生产自动化程度显著提升、产品质量精确可控，加快了企业科技发展步伐，使中成药的技术含量得到大幅度提升。
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